Görüntüleme
7
Bu çalışma, Kayseri yöresindeki sığırlardan toplanmış ixodid kenelerde Anaplasma phagocytophilum’un Real Time PCR’la araştırılması ve pozitif izolatların 16S rRNA gen bölgesi yönünden karakterize edilmesi amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla sığırlardan toplanmış 265 ergin ixodid keneden genomik DNA ekstrakte edilmiştir. DNA ekstraksiyonu sonrası 16S rRNA gen bölgesinin 641 bp’lik kısmını amplifiye eden Anaplasma phagocytophilum spesifik primerlerle nested PCR analizleri yapılmıştır. Real Time PCR’la bireysel olarak incelemesi yapılan örneklerden bir H. marginatum ve bir R. turanicus örneğinde pozitiflik saptanmıştır. DNA dizilerinin GenBank kayıtları gerçekleştirilmiş ve mevcut diğer bazı A. phagocytophilum suşları ile hizalamaları yapılarak filogenisi araştırılmıştır. Filogenetik analiz sonucu Kayseri yöresindeki sığırlardan toplanmış H. marginatum ve R. turanicus örneklerinde belirlenen A. phagocytophilum izolatları ile Dünya’dan ve Türkiye’den daha önce GenBank’a girilmiş izolatların 3 ana dalda (A, B ve C kümeleri) kümelendikleri belirlenmiştir. A ve B gruplarındaki A. phagocytophilum izolatlarının homolog oldukları, C grubunda yer alan izolatların ise kendi aralarında ortalama %0,2’lik genetik farklılığın bulunduğu belirlenmiştir. A grubundaki izolatların B grubundakilerle %10,8±2,0, C grubundakilerle ise %13,0±2,7; B grubundaki izolatların C grubundaki izolatlarla arasındaki ortalama genetik farklılık %13,8±2,8 saptanmıştır. Sonuç olarak bu çalışma ile Kayseri yöresindeki sığırlardan toplanmış kene örneklerinde A. phagocytophilum’un moleküler yaygınlığı ve genetik karakterleri hakkında bilimsel veriler elde edilmiştir.
The study was conducted to investigate the presence of Anaplasma phagocytophilum in ixodid ticks collected from cattle in Kayseri region of Turkey using Real Time PCR and to characterize positive isolates based on 16S rRNA gene region. DNA was extracted from 265 adult ticks. Nested PCR analyses were performed using Anaplasma phagocytophilum-specific primers amplifying a 641 bp fragment of 16S rRNA gene region. Real Time PCR analysis revealed positive results in one H. marginatum and R. turanicus sample. DNA sequences were submitted to GenBank and analyzed by pairwise and multiple sequence alignments with other A. phagocytophilum strains in GenBank to investigate the phylogeny. The phylogenetic analysis revealed that A. phagocytophilum isolates collected from H. marginatum and R. turanicus samples in Kayseri region clustered into three main groups (A, B, and C) with previously reported isolates from the world. A and B groups showed high homology, whereas C group had an average genetic variation of 0.2%. The average genetic differences between A and B groups were 10.8±2.0 and 13.0±2.7% between A and C groups, while the average genetic difference between B and C groups was 13.8±2.8%. In conclusion, this study provides scientific data on molecular prevalence and genetic characteristics of A. phagocytophilum in tick samples in Turkey.
Alan : Sağlık Bilimleri
Dergi Türü : Ulusal
Makale Detay 
Benzer Makaleler
PDF Görüntüle
Dergi Bilgisi
Eseri Dinleyin
Alıntı Yap
Bu Sayfayı Yazdırın
Paylaş
Mendeley
