Abstract:

Bu çalışma, Kayseri yöresindeki sığırlardan toplanmış ixodid kenelerde Anaplasma phagocytophilum’un Real Time PCR’la araştırılması ve pozitif izolatların 16S rRNA gen bölgesi yönünden karakterize edilmesi amacıyla yapılmıştır. Bu amaçla sığırlardan toplanmış 265 ergin ixodid keneden genomik DNA ekstrakte edilmiştir. DNA ekstraksiyonu sonrası 16S rRNA gen bölgesinin 641 bp’lik kısmını amplifiye eden Anaplasma phagocytophilum spesifik primerlerle nested PCR analizleri yapılmıştır. Real Time PCR’la bireysel olarak incelemesi yapılan örneklerden bir H. marginatum ve bir R. turanicus örneğinde pozitiflik saptanmıştır. DNA dizilerinin GenBank kayıtları gerçekleştirilmiş ve mevcut diğer bazı A. phagocytophilum suşları ile hizalamaları yapılarak filogenisi araştırılmıştır. Filogenetik analiz sonucu Kayseri yöresindeki sığırlardan toplanmış H. marginatum ve R. turanicus örneklerinde belirlenen A. phagocytophilum izolatları ile Dünya’dan ve Türkiye’den daha önce GenBank’a girilmiş izolatların 3 ana dalda (A, B ve C kümeleri) kümelendikleri belirlenmiştir. A ve B gruplarındaki A. phagocytophilum izolatlarının homolog oldukları, C grubunda yer alan izolatların ise kendi aralarında ortalama %0,2’lik genetik farklılığın bulunduğu belirlenmiştir. A grubundaki izolatların B grubundakilerle %10,8±2,0, C grubundakilerle ise %13,0±2,7; B grubundaki izolatların C grubundaki izolatlarla arasındaki ortalama genetik farklılık %13,8±2,8 saptanmıştır. Sonuç olarak bu çalışma ile Kayseri yöresindeki sığırlardan toplanmış kene örneklerinde A. phagocytophilum’un moleküler yaygınlığı ve genetik karakterleri hakkında bilimsel veriler elde edilmiştir.

Keywords: