Görüntüleme
9
Yeni nesil dizileme (YND) teknolojileri, biyolojide hızlı ve uygun maliyetli veri üretimi vaadi ile 21. yüzyılın en güçlü bilimsel ilerlemesini oluşturmaktadır. Yine de, güncel YND çalışmaları genellikle yerleşik kaynaklara sahip laboratuvarlarla sınırlı kalmaktadır. Bu çalışmada, kütüphane fragman seçimi sırasında yüksek teknoloji ürünü YND sarf malzemelerine (paramanyetik boncuklar) kıyasla rutin laboratuvar sarf malzemelerinden (agaroz jel elektroforezi: buradan itibaren AGE) kullanarak ddRADseq kütüphaneleri oluşturuldu. Standart ddRADseq kütüphanesi, evrensel olarak kullanılan paramanyetik boncuklara dayalı olarak seçilen fragmanlarla oluşturulurken, kalan kısım, sınırlı kaynaklara sahip laboratuvarlar için AGE kullanılarak aynı fragman büyüklüğünde ddRADseq kütüphanesi yapılabilirliğini değerlendirmek için bir şablon olarak kullanıldı. Her iki kütüphane de kalıp DNA yoğunluğunda benzerlik gösteren 15 PCR döngüsü için optimize edilmiştir. Kütüphanelerin PCR sonrası yoğunlukları benzerlik gösterdi (~10 ng.µL-1). Boyut dağılımı değerlendirmesi, AGE ile manuel olarak seçilen ddRADseq kütüphane boyutunda daha temiz bir seçim olduğunu ortaya çıkardı. Benzer şekilde, Qubit ölçümleri de kütüphane DNA miktarının yakın olduğunu ortaya koydu (>3 ng.µL-1). Elektroforez öncesi hazırlıklar, seri yıkama ve boyama adımları nedeniyle daha fazla zaman almasına rağmen, ddRADseq kütüphane kurulum işlemi başlangıç için gerekli adaptör ve PCR primerlerinin sağlanması kaydıyla rutin laboratuvar sarf malzemeleri kullanılarak gerçekleştirilebilir. Bu sonuçlar, sınırlı kaynaklara sahip laboratuvarlar için ddRADseq kütüphanesi oluşturmanın uygulanabilirliğini ortaya koymaktadır.
The new generation of classification (YND) technologies are the strongest scientific progress of the 21st century with the promise of rapid and cost-effective data production in biology. However, current YND studies are usually limited to laboratories with built-in resources. In this study, during the selection of library fragments, the high-tech product was created by using routine laboratory fragments (agrose gel electrophoresis: from here to here AGE) compared to YND shell materials (paramanyetic shells). The standard ddRADseq library is created with selected fragments based on the universal parametratic spots, while the remaining part was used as a template to assess the feasibility of the ddRADseq library of the same fragment size using AGE for laboratories with limited resources. Both libraries are optimized for 15 PCR cycles that show similarity in DNA intensity. The post-PCR intensities of libraries showed similarity (~10 ng.μL-1). The size distribution assessment revealed that it was a cleaner choice in the size of the ddRADseq library manually selected with AGE. Similarly, Qubit measurements also showed that the volume of library DNA is close (>3 ng.μL-1). Although pre-electrophoresis preparations take more time due to serial washing and painting steps, the ddRADseq library installation process can be carried out using routine laboratory insert materials with the necessary adaptors and PCR primates provided for the beginning. These findings show the applicability of creating a ddRADseq library for laboratories with limited resources.
Alan : Ziraat, Orman ve Su Ürünleri
Dergi Türü : Uluslararası
Makale Detay 
Benzer Makaleler
PDF Görüntüle
Dergi Bilgisi
Eseri Dinleyin
Alıntı Yap
Bu Sayfayı Yazdırın
Paylaş
Mendeley
