Atıf Sayısı
2
Görüntüleme
17
İndirme
2
Kökeni Doğu Akdeniz ülkelerine dayanan, hayvan yemi ve maltlık olarak tüketilen arpanın, dünyanın birçok bölgesinde tarımı ve ıslahı yapılmaktadır. Arpa çeşitlerinde genetik çeşitliliğin belirlenmesi, çeşitler arasındaki genetik ilişkilerin ortaya çıkarılması ve ıslahçı haklarının korunması için moleküler yöntemlerden faydalanılmaktadır. Bu çalışmada, arpa genomunun önemli bileşenlerinden olan BARE-1 retrotranspozonu ile ilişkili IRAP (Retrotranspozon-arası Çoğaltılmış Polimorfizm), REMAP (Retrotranspozon-Mikrosatellit Çoğaltılmış Polimorfizmi) ve iPBS (Primer Arası Bağlanma Yeri Polimorfizmi) olarak adlandırılan moleküler belirteçler kullanılarak ulusal birçok çeşidin karakterizasyonu yapılmıştır. Toplamda 211 alel olmak üzere, 3 IRAP primer çifti 49.5 REMAP primer çifti 55 ve 7 iPBS primer çifti için 107 alel tespit edilmiştir. Lokus başına ortalama 14 alel belirlenmiştir. Polimorfik Bilgi İçeriği (PIC) ortalama değeri REMAP için 0.407, IRAP için 0.454 ve IPBS için de 0.442 bulunmuştur. Genetik benzerlik değerleri 0.41 ila 0.93 arasında değişmiştir. Tüm belirteçler için ortalama fark yöntemi (UPGMA) kümeleme analizi yapılarak, çeşitler genetik benzerliklerine göre gruplandırılmışlardır. Bu çalışmada, fazla sayıda alel ve yüksek PIC değeri vermeleri, ucuz ve kolay elde edinimleri nedeniyle, transposon temelli moleküler belirteçler ile çok yakın ilişkili çeşitlerin dahi ayrımının kolay bir şekilde yapılabileceği görülmüştür. Transposon esaslı belirteçler, çeşitler arasında genetik ilişkileri belirlemenin yanı sıra genetik kaynakların korunmasında ve tohum bankalarının yönetiminde faydalı olabilecektir.
Her origin is based on the Eastern Mediterranean countries, and herb consumed as animal food and malt, is produced in many parts of the world. Molecular methods are used to identify genetic diversity in arpa varieties, to identify genetic relationships between varieties and to protect the rights of fertilizers. In this study, many national species were characterized using molecular indicators called IRAP (Retrotranspozon-Inter-Multiplied Polymorphism), REMAP (Retrotranspozon-Microsatellite Multiplied Polymorphism) and iPBS (Primer Inter-Place Polymorphism) associated with the BARE-1 retrotranspozon, an important component of the arpa genom. A total of 211 alels, 3 IRAP primary pairs 49. 5 REMAP primary pair 55 and 7 iPBS primary pair 107 alels have been detected. Average of 14 allies per locus are determined. The average value of Polymorphic Information Content (PIC) was 0.407 for REMAP, 0.454 for IRAP and 0.442 for IPBS. Genetic similarity values varied from 0.41 to 0.93. By analysing the average difference method (UPGMA) for all indicators, varieties are grouped according to their genetic similarities. In this study, due to excessive number of alel and high PIC value, cheap and easy-to-acquisition, it was found that even very close-related varieties with transposon-based molecular indicators could be easily distinguished. Transposon-based indicators may be useful in determining genetic relationships between varieties as well as in preserving genetic resources and in managing seed banks.
Barley, which is originated from Eastern Mediterranean countries and is consumed as animal feed and malt, is cultivated and breeding in many regions of the world. Molecular methods are benefited to determine the genetic diversity in barley cultivars, to define the genetic relationship between cultivars and to protect the breeder rights. In this study, characterization of many national cultivars was carried out using molecular markers called as IRAP (Inter retrotransposon amplified polymorphism), REMAP (Retrotransposon microsatellite polymorphism) and iPBS (inter-priming binding site) associated with BARE-1 retrotransposons that is one of the important components of barley genome. A total of 211 alleles, 49 for 3 IRAP, 55 for 5 REMAP, and 107 for 7 IPBS primer pairs were detected. An average of 14 alleles per locus was determined. Polymorphic Information Content (PIC) mean value was 0.407 for REMAP and 0.454 for IRAP and 0.442 for IPBS. Genetic similarity values ranged from 0.41 to 0.93. Cultivars were divided into groups according to their genetic similarities by performing the unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) clustering analysis for all markers. In this study, it was observed that, due to their high number of alleles and high PIC values, and their cheap and easy acquisition, it can be easily distinguished even very closely related cultivars by using transposon-based molecular markers. Transposon based markers can be useful for conservating the genetic resources and managing the seed banks beside as determining the genetic relationship between cultivars.
Alan : Ziraat, Orman ve Su Ürünleri
Dergi Türü : Ulusal
Makale Detay 
Atıf Yapanlar
Benzer Makaleler
PDF Görüntüle
Dergi Bilgisi
Eseri Dinleyin
Bu Sayfayı Yazdırın
Paylaş
Mendeley
