Abstract:

In this study; the philogenetic differences of foreign herbs of Rubus, which are common in the Black Sea Region Army province, were tried to be determined using trnL-F genes. 24 Rubus spp from the different points of the army. Examples have been surveyed. In the DNA isolation phase of the examples, the Haymes (1996) protocol was used by adaptation. To determine the trnL-F gene area of our samples, we compared the sequence series we obtained in our work with the reference series received from GenBank. With the help of the MEGA6 package program, genetic distances were calculated and filogenic trees were drawn. There are six examples of Happlotips. These are: Haplotip 1 (F3, P1, P3, P4, U1, U2, O2, O3, O4, CM1), Haplotip 2 (F5), Haplotip 3 (P2), Haplotip 4 (P5), Haplotip 5 (S1, CM2, CM3), Haplotip 6 (O1, CT1, CT2, CT3) examples respectively R. sanctus (EF055343), R. silvaticus (KM036881), R. divaricatus (KM036924), R. conothyrsoides (KM036856), R. capricollensis (KM036923) and Rubus sp. It is seen as a relative with a 100% similarity of the nucleotid series (KT581217).

Keywords:

Abstract:

Bu çalışmada; Karadeniz Bölgesi Ordu ilinde yaygın olan Rubus yabancı ot türlerinin filogenetik farklılıkları trnL-F gen bölgeleri kullanılarak belirlenmeye çalışılmıştır. Ordu’nun farklı noktalarından 24 adet Rubus spp. örneği survey yapılmıştır. Örneklerden DNA izole etme aşamasında protokol Haymes (1996) uyarlanarak kullanılmıştır. Örneklerimizin trnL-F gen bölgesini belirlemek için, GenBank’tan alınan referans diziler ile çalışmamızda elde ettiğimiz sekans dizileri karşılaştırılmıştr. MEGA6 paket programı yardımıyla genetik uzaklıklar hesaplanmış ve filogeni ağaçlarının çizimi yapılmıştır. Örneklerden 6 Haplotip sonucu çıkmıştır. Bunlar; Haplotip 1 (F3, P1, P3, P4, U1, U2, O2, O3, O4, CM1), Haplotip 2 (F5), Haplotip 3 (P2), Haplotip 4 (P5), Haplotip 5 (S1, CM2, CM3), Haplotip 6 (O1, CT1, CT2, CT3) örnekleri sırasıyla R. sanctus (EF055343), R. silvaticus (KM036881), R. divaricatus (KM036924), R. conothyrsoides (KM036856), R. capricollensis (KM036923) ve Rubus sp. (KT581217)  ile %100 nükleotid dizisi benzerliğiyle akraba olarak görülmüştür.