Bu çalışmanın amacı, Türkiye Anadolu eşeği (Equus asinus)’nin ilk mitogenom karakterizasyonunu yapmak ve filogenetik ilişkilerinin ortaya çıkarılmasına katkı sağlamaktır. Anadolu eşeğine ait bir örneğin komple mitokondriyal genomu, Long-Range PCR ve Yeni Nesil Dizileme tekniği ile karakterize edilmiş ve Bayesian, Maksimum Likelihood ve Neighbor-Joining metotlarıyla filogenetik analizler yapılmıştır. Komple mitogenom, 13 protein kodlayan gen, 22 taşıyıcı RNA, 2 ribozomal RNA ve bir kodlama yapmayan kontrol bölgesi (D-loop) içeren, 16.551 baz çifti uzunluğunda tipik dairesel DNA moleküldür. Mitogenomun ortalama nükleotid kompozisyonu, memeli mitogenomları aralığında olup; adenin için % 32.32, timin için % 25.78, sitozin için % 28.67, guanin için % 13.23’tür; adenin+timin içeriği (% 58.10), guanin+sitozin içeriğinden (% 41.90) daha fazladır. Toplam 14 taşıyıcı RNA, 12 protein kodlayan ve 2 ribozomal RNA geni ağır zincir üzerinde kodlanmakta, 8 taşıyıcı RNA ve bir protein kodlayan gen (ND6) ise hafif zincir üzerinde kodlanmaktadır. Gen yapısı, organizasyonu ve kompozisyonu diğer atgillere benzerdir. Filogenetik analizler, Türkiye Anadolu eşeğinin, Çin evcil eşeklerine Avrupa evcil eşeklerinden daha yakın olduğunu ve Afrika yabani eşeklerinden (Somali yabani eşeği gibi) köken almış olabileceğini göstermiştir. Bu çalışma, Türkiye eşekleri ve diğer atgilleri içeren gelecekteki moleküler çalışmalar için Anadolu eşeğinin referans mitogenom verisini sunmuştur.
The aim of this study is to make the first mythogenom characterization of the Turkish Anadolu sheep (Equus asinus) and to contribute to the discovery of its philogenetic relationships. An example of the Anadolu sheep is characterized by a complete mitochondrial genome, Long-Range PCR and the New Generation Screening technique, and philogenetic analyses are performed with Bayesian, Maximum Likelihood and Neighbor-Joining methods. It is a typical circular DNA molecule with a total mitogenoma, 13 protein coding genes, 22 carrier RNAs, 2 ribosomal RNAs and a non-coding control zone (D-loop), 16,551 base pair length. The average nucleotid composition of the mitogenom is within the range of mammal mitogenoms; 32.32% for aden, 25.78% for timin, 28.67% for sitosin, 13.23% for guanin; aden + timin content (58%. 10), more than the guanine+sitozin content (41.90%). A total of 14 carrier RNAs, 12 protein coding and 2 ribosomal RNA genes are coded on a heavy chain, while 8 carrier RNAs and one protein coding genes (ND6) are coded on a light chain. The structure, organization and composition of the genes are similar to other agiles. Philogenetic analyses have shown that the Turkish Anatolian sheep is closer to Chinese household sheep than European household sheep and may have been originated from African wild sheep (such as the Somali wild sheep). This study has presented the reference mitogenoma data of the Anadolu eagle for future molecular studies, including Turkish eagles and other agglomerates.
Alan : Ziraat, Orman ve Su Ürünleri
Dergi Türü : Uluslararası
Benzer Makaleler | Yazar | # |
---|
Makale | Yazar | # |
---|