Özet:

Voltaj-kapılı bakteriyel Nav kanalının kristal yapısı Arcobacter butzleri’den alınmıstır [1]. Voltajkapılı sodyum kanalları aksiyon potansiyellerinin baslaması için çok önemlidir. Moleküler dinamik modelleme bu kanalın yapı-fonksiyon iliskisini anlamak için kullanılmıstır (Sekil 1’de gösterildi). Serbest enerji metodları kullanarak iyon bağlanmasının enerjisi çalısılmıs, Na+ iyonu için filtre içinde bağlanma pozisyonları ve bağlanma enerjileri elde edilmistir. Deneysel verilerden Nav kanalının Cav kanalına benzer olduğu bilinmekte ve Nav kanalında Ca++ iyonu geçtiği gözlenmektedir. Ca++ iyonunun Nav kanalında geçmesini anlamak için kanal filtresi boyunca Ca++ iyonu için Ortalama Kuvvet Potansiyel hesabı (PMF) yapılmıstır. Bu çalısma sonucunda Ca++ iyonunun Na+ iyonu ile karsılastırıldığında daha yüksek bir bağlanma afinitesine sahip olduğu gözlenmistir. Bunlardan yola çıkarak kanal fitresinde bir Ca++ iyonu varken Na+ iyonunun Ortalama Kuvvet Potaniyeli çalısılıldı. Eğer tek bir kalsiyum iyonu kanalının seçici filtresinin belirli bir konumuna bağlanırsa, kalsiyumun bulunduğu bölgedeki enerji bariyerini yükselterek sodyum kanalı boyunca sodyum geçisini blokladığı sonucuna varıldı.  

Anahtar Kelimeler: